Die Mikroarray-Technologie nutzt als Messprinzip die DNA-DNA-Hybridisierung, also die Affinität eines DNA-Stranges zu seiner Komplementärsequenz.

Sie zählt zu den stärksten und hochspezifischen Wechselwirkungen, die in der Natur zu finden sind. 
Durch Markierung der Proben-DNA mit Fluoreszenzfarbstoffen und anschließender Hybridisierung an die Sonden auf der Chip-Oberfläche, lassen sich, nach Auswertung des dabei entstehenden Signals mit einem Fluoreszenzscanner, Aussagen über die Qualität der jeweiligen Rohmilch-Charge, der verwendeten Starterkultur oder über die mikrobiologische Unbedenklichkeit des Endproduktes treffen.